De acordo com texto da ADPF 851 MC-Ref/DF:

O Congresso Nacional institucionalizou uma duplicidade de regimes de execução das emendas parlamentares: o regime transparente próprio às emendas individuais e de bancada e o sistema anônimo de execução das despesas decorrentes de emendas do relator. Isso porque, enquanto as emendas individuais e de bancada vinculam o autor da emenda ao beneficiário das despesas, tornando claras e verificáveis a origem e a destinação do dinheiro gasto, as emendas do relator operam com base na lógica da ocultação dos efetivos requerentes da despesa, por meio da utilização de rubrica orçamentária única (RP 9), na qual todas as despesas previstas são atribuídas, indiscriminadamente, à pessoa do relator-geral do orçamento, que atua como figura interposta entre parlamentares incógnitos e o orçamento público federal.

Traduzindo:

O Congresso Nacional criou duas maneiras diferentes de lidar com o dinheiro das emendas parlamentares, que são recursos que os parlamentares podem direcionar para projetos e obras em suas regiões. Essas duas maneiras são:

1. Regime Transparente (Emendas Individuais e de Bancada):
   • Como funciona: Cada parlamentar ou grupo de parlamentares (bancada) pode propor emendas, que são como pedidos para gastar dinheiro público em projetos específicos.
   • Transparência: É fácil ver quem pediu o dinheiro e para onde ele vai. Por exemplo, se um deputado pede dinheiro para construir uma escola em sua cidade, essa informação é pública e qualquer pessoa pode verificar.
2. Sistema Anônimo (Emendas do Relator – que ficaram conhecidas como 'Orçamento Secreto'):
   • Como funciona: Existe uma figura chamada "relator-geral do orçamento" que tem o poder de distribuir uma parte do dinheiro do orçamento (chamado de RP 9).
   • Ocultação: Nesse sistema, não é claro quem realmente pediu o dinheiro. O relator-geral aparece como o responsável por todas essas despesas, mas ele está apenas repassando pedidos que vieram de outros parlamentares, cujos nomes não são divulgados.

Vejamos um exemplo trazido por Giacomoni (Orçamento Público, 19ª edição, página 269): “No Projeto da LOA para 2020, encaminhado pelo Poder Executivo ao Congresso Nacional para apreciação e aprovação, o programa 2217 Desenvolvimento Regional, Territorial e Urbano, na parte vinculada ao referido Ministério, estava contemplado com apenas R$ 186 milhões. Depreende-se que os seus órgãos e unidades estavam preparados para executar esses valores, entretanto, por meio das emendas do Relator-Geral, receberam autorização para gastar quase 30 vezes mais, isto é, R$ 5,5 bilhões.”

Daí a afirmação da FGV em uma questão de concurso sobre o tema:

[As emendas do relator são] inconstitucionais, pois elas possibilitam a efetivação de despesas resultantes de negociações ocultas entre o Executivo e sua base parlamentar de apoio no Legislativo, o que viola os princípios republicano e da isonomia.