Como advérbio de lugar, o certo é usar “embaixo” e “em cima”.

Aqui vou dar uma dica da minha época de estudos:

• embaixo dos lençóis todo mundo fica juntinho
• em cima dos lençóis todo mundo fica separadinho

A expressão adjetiva “em baixo” pode ser usada caso atrelada a um substantivo.

• Harry falou em baixo tom de voz.

A palavra “encima” pode ser a conjugação verbal do verbo “encimar” (colocar para cima).

• Snape encima Draco durante as aulas de poções.

Acima ⇒ advérbio de lugar (antônimo de ‘abaixo’).

A cima ⇒ sinônimo de “para cima” ⇒ antônimo de “de baixo” ou “para baixo”