Na prática, a execução do Plano Plurianual já vem sofrendo há vários anos críticas nos pareceres prévios do Tribunal de Contas da União (TCU), por conta da dificuldade na aferição de resultados.

No Relatório e Parecer Prévio sobre as Contas do Governo da República referentes ao exercício de 2014 (o primeiro Parecer Prévio que rejeitou contas do Governo Federal), o TCU diz que há fragilidades no modelo vigente.

Segundo o Tribunal, estas fragilidades: "REDUZEM A TRANSPARÊNCIA DO PLANO E DIFICULTAM AO CIDADÃO ASSOCIAR OS CUSTOS INCORRIDOS PELA ADMINISTRAÇÃO PÚBLICA AOS PRODUTOS E RESULTADOS MAIS AMPLOS,"

E isso continua acontecendo.

De acordo com o Blog do Jota:

O PPA 2020-2023, por exemplo, continha defeitos, segundo o TCU. Em julgado proferido em 2020, o Tribunal afirmou que o “acompanhamento [teria] detect[ado] falhas e oportunidades de melhoria, como a existência de programas sem metas de resultado ou incoerentes com o modelo lógico de planejamento”