Auditoria Interna:

1. Estabelecida dentro dos órgãos e instituições governamentais.
2. Subordinada ao chefe do departamento onde está estabelecida.
3. Funcional e organizacionalmente independente dentro de sua estrutura constitucional.
4. Verifica e melhora a eficácia dos controles internos e processos da instituição.

Auditoria Externa:

1. Realizada por entidades independentes que não fazem parte da estrutura organizacional das instituições auditadas.
2. Realizada por EFS (ISC).
3. Verifica a efetividade da auditoria interna e conduz auditorias gerais para assegurar a divisão adequada de tarefas e cooperação.
4. Totalmente independente da organização auditada, garantindo imparcialidade.

Isto é o que diz a Seção 3 da Declaração de Lima:

1. Os serviços de auditoria interna são estabelecidos dentro dos órgãos e instituições governamentais, enquanto os serviços de auditoria externa não fazem parte da estrutura organizacional das instituições a serem auditadas. As Entidades Fiscalizadoras Superiores prestam serviços de auditoria externa.
2. Os serviços de auditoria interna são necessariamente subordinados ao chefe do departamento no qual foram estabelecidos. No entanto, eles são, na maior medida possível, funcional e organizacionalmente independentes no âmbito de sua respectiva estrutura constitucional.
3. Como uma instituição de auditoria externa, a Entidade Fiscalizadora Superior tem a tarefa de verificar a efetividade da auditoria interna. Se a auditoria interna for considerada efetiva, esforços serão empreendidos, sem prejuízo do direito da Entidade Fiscalizadora Superior de conduzir uma auditoria geral, no sentido de garantir a mais adequada divisão ou designação de tarefas e cooperação entre a Entidade Fiscalizadora Superior e a auditoria interna.